De plus en plus, les curricula mettent l’accent sur la nécessité de connecter l’enseignement des mathématiques à celui des autres disciplines scientifiques et à des situations de la vie réelle, et par voie de conséquence sur la modélisation mathématique. Comme en témoigne l’ouvrage issu de l’Etude ICMI 14 consacrée à la modélisation et aux applications des mathématiques dans l’enseignement, très souvent, les enseignants de mathématiques, de par leur formation, sont peu préparés à une telle évolution. Ils n’ont aucune expérience d’un réel travail de modélisation et leurs interactions avec les enseignants des autres disciplines sont limitées. C’est notamment le cas en France et ceci a conduit les auteurs à proposer un enseignement de modélisation, au sein du master professionnel Didactique de l’université Paris Diderot. Dans cette contribution, après avoir décrit l’organisation de cet enseignement, est explicitée une réflexion sur les interactions entre mathématiques et biologie qu’il permet de mettre en place et cela en présentant et analysant un certain nombre de projets qui ont été réalisés par les étudiants depuis la création de cet enseignement.