Les calculs en astronomie ont donné lieu très probablement à la naissance des congruences. Qin Jiushao, au XIIIe siècle, résolut (ou, du moins, trouva une solution à) un problème de répartition de grains, basé sur un système de congruences. Dans ce texte, l’auteur s’intéresse à la résolution complète d’un système de trois équations, faite dans son « Shushu Jiuzhang » (Neuf chapitres sur le calcul) (1247).