A travers ce roman, l’auteur fait découvrir l’histoire de la bibliothèque d’Alexandrie fondée vers 265 avant Jésus-Christ et détruite en 642 par les troupes du général Amrou car le calife Omar leur a donné l’ordre d’éliminer tout ce qui va à rencontre de l’Islam et de brûler le million de livres que recèle la célèbre Bibliothèque.
Un vieux philosophe chrétien, un médecin juif et surtout la belle et savante Hypatie, mathématicienne et musicienne, vont tenter de dissuader Amrou de détruire ce temple du savoir universel. Ils vont lui raconter la vie des savants, poètes et philosophes qui ont vécu et travaillé dans ces murs : Euclide, Archimède, Aristarque de Samos qui découvrit que la Terre tournait autour du Soleil, Ptolémée, le poète Callimaque ou le philosophe Philon d’Alexandrie et tant d’autres.