Il s’agit d’un roman, en quatre parties, précédé d’une préface à l’édition française (par l’auteur), un avant-propos, une liste des personnages principaux, un prologue, et suivi de cinq appendices et de notes bibliographiques.
Le Maître de Samos, personnage central, n’apparaît guère directement ; mais l’action est entièrement conditionnée par sa pensée mathématique et philosophique : sa croyance en la métempsycose conduit des sectateurs néo-pythagoriciens à rechercher sa réincarnation, en plein XXe siècle, tandis que d’autres érudits recherchent un hypothétique papyrus de sa main ; ces deux quêtes se recoupent, bien sûr. Un retour en arrière nous fait assister à la vie de l’un de ses disciples, qui, par la mission qui lui est confiée, provoquera vingt-cinq siècles plus tard bien des péripéties, rocambolesques à souhait. Dans la bouche de divers personnages, dans des commentaires et dans les appendices, on trouve la preuve de la large érudition mathématique, philosophique et historique de l’auteur, ainsi que de son goût pour l’ésotérisme ; on n’est pas très loin de l’univers des romans d’Umberto Eco (Le Nom de la Rose, le Pendule de Foucault,…).
Le lecteur un tant soit peu mathématicien sera comblé par la présence, dans le roman comme dans les appendices, de plusieurs démonstrations rigoureuses et claires, par exemple celle de l’impossibilité de la résolution du Taquin ; les problèmes les plus actuels sont évoqués, comme celui de la génération de suites « aléatoires ». L’auteur vise aussi les réfractaires aux mathématiques : ceux-ci ne doivent pas se laisser rebuter ; quitte à sauter éventuellement quelques lignes, ils pourront se plonger dans cette aventure intellectuelle autant que concrète, y découvrir un univers mathématique qui n’est exempt ni de mystères, ni de surprises, ni de péripéties. Ils pourront aussi méditer sur la question, qui conclut l’ouvrage, de la dualité entre la prédictibilité, l’ordre du monde pythagoricien d’une part, et la place laissée au hasard et au chaos dans des théories contemporaines d’autre part.