Tout débute dans un atelier de BD où les auteurs se mettent en scène et décident de retracer la vie de Bertrand Russell. Bertrand Russell devient alors le héros et présente une conférence au début de la Seconde Guerre mondiale dans laquelle il raconte ses peurs d’enfance, son obsession de la preuve, ses pérégrinations à l’intérieur du monde de la logique et des théories des mathématiques qui partagent le souci de la vérité, l’histoire de la quête des fondements des mathématiques qui s’est déroulée entre la fin du dix-neuvième siècle (Cantor) jusqu’au début de la seconde guerre mondiale (avant les travaux de Turing et Von Neumann), ses rencontres avec les plus grands esprits du XXe siècle : Alfred North Whitehead avec qui il écrit « Principia Mathematica », Frege, Cantor, Poincaré, Hilbert, Gödel, Wittgenstein, le Cercle de Vienne, etc.
Les récits s’alternent, entre l’atelier, le conférencier Russell et le chercheur Russell. A la fin, sous le titre « Logicomix et la réalité », les auteurs précisent leur démarche et les limite qu’ils assignent à leur travail : « Bien que ces personnages soient pour la plupart réels, ce livre n’est pas, et ne prétend pas être, un livre d’histoire. Il est, et veut être, un roman graphique … Les auteurs précisent avoir pris quelques libertés avec les faits afin de donner davantage de cohérence et de profondeur à notre récit. »
L’ouvrage se complète d’un « carnet de notes » qui précise certains termes et les biographies des personnages cités.

Le livre est composé de 10 chapitres :
0. Ouverture: présentation de l’équipe d’auteurs et de la conférence de Bertrand Russell aux Etats-Unis.
1. Pembroke Lodge : début de la conférence, enfance de Russell, rencontre avec la logique et le spectre de la folie. »
2. L’apprenti sorcier : les années d’étudiant Cambridge, l’appel des mathématiques, l’amitié de Moore, influence des idées de Leibniz, l’appel de la logique, première liaison sentimentale, la logique algébrique de Boole, l’amitié de Whitehead.
3. Wanderjahre : l’Europe continentale, Frege et sa logique avec l’écriture conceptuelle Begriffschrift, les infinis de Cantor et ses délires, conflits sur la Théorie des Ensembles (Poincaré, Hilbert) , les Problèmes de Hilbert et son « pas d’ignorabimus ».
4. Paradoxes : début de rédaction des Principes des Mathématiques, les Ensembles de Bolzano ; le Paradoxe de Russell et les réactions de Poincaré, Cantor, Peano, Hilbert ; Frege et ses fondements de l’Arithmétique, la Théorie des Types, rédaction avec Whitehead des Principia Mathematica (1903-1905) pour reconstruire la base de la Logique, hésitations et changement d’axiomes (1906-1909) , 3 volumes écrits après 10 années de publication des 2000 pages à leurs frais ; déboires sentimentaux.
4bis. Entracte : au coeur de l’équipe de rédaction, logique et folie, parallèle avec l’Orestie d’ Eschyle, cartes et réalité à Athènes.
5. Guerres logico-philosophiques : Wittgenstein conteste les points de départ des Principia, Russell veut utiliser la Logique pour améliorer les affaires humaines, lutte en 1914 pour une issue pacifique au conflit en Europe, Wittgenstein s’engage dans les troupes austro-hongroises et explore la puissance du langage ; Russell objecteur
de conscience ; manuscrit du Tractatus Logico-philosophicus de Wittgenstein et son langage de l’image : l’ouvrage réfute celui de Russell et n’utilise pas les Ensembles « la logique ne peut dire la réalité » ; les Principia restent une base pour l’élaboration d’un langage logique.
6. Incomplétude : parution en 1922 du Tractatus de Wittgenstein, qui devient enseignant autoritaire en primaire ; second mariage de Russell, naissance d’un fils ; Frege et une utilisation raciste de la Logique ; l’éducation comme remède contre l’instinct, l’émotion et l »habitude ? Echec d’une école gérée en autodiscipline ; le Cercle de Vienne ; Gôdel : « Il y aura toujours des questions sans réponse », Théorème d’Incomplétude et remarque de Von Neumann : « Tout est terminé » ; la sagesse, il n’y a pas de voie royale de la vérité.
7. Finale : en parallèle avec l’Orestie ; l’ordinateur comme réussite liée à la quête des Fondements ? Türing, Von Neumann.